I laureati magistrali possono completare la loro specializzazione con un master di secondo livello erogato da università italiane purchè vengano rilasciati 60 crediti formativi. Sono infatti definiti master di II livello i percorsi postlaurea rivolti a ragazzi, ragazze e giovani professionisti con laurea magistrale.
Gli allievi dei master part time o a tempo parziale seguono un programma diluito nei mesi con lezioni di mezza giornata oppure con una struttura a part time verticale, cioè con le lezioni concentrate in pochi giorni al mese. La frequenza part-time può comunque agevolare studenti, laureati e giovani professionisti.
Lo scopo del Master è di fornire una conoscenza ed abilità nell'utilizzazione e nelle tecniche di preparazione dei farmaci vegetali nonché una cultura sulle piante medicinali, sulle loro caratteristiche farmacotossicologiche e terapeutiche e sugli ambiti in cui la fitoterapia può essere utilizzata.
Il Master è finalizzato a fornire competenze contabili, finanziarie e fiscali ed eroga 90 CF per gli iscritti al CNDCEC. Le quote di partecipazione variano in base alla tipologia di percorso scelto. Sono inoltre presenti delle agevolazioni per coloro che decidono di intraprendere questo percorso.